北京协和医院和南京生殖中心两家医院的综合实力都比较好，所以选择哪家医院做试管更好暂时没有定论。另外，北京协和医院和南京生殖中心在费用、医生技术水平、位置等方面存在一定差异，建议患者根据自己的实际情况进行选择。另外，不论患者选择哪家医院做试管，都应结合自身选择擅长自己这方面不孕不育的医生治疗，才能提高成功率。

北京协和医院试管婴儿流程与南京生殖中心是一样的，主要包括有身体检查、促排治疗、取卵取精、胚胎培养、胚胎移植等，只是这两所医院每天的门诊量不同，可能在北京协和医院做试管前还需要提高预约挂号，具体情况可以去该院的官网进行了解。

据调查发现北京协和和南京生殖中心有一定差距，主要体现在费用、地理位置以及医生技术水平等方面，患者在挑选时可以多结合以下几点考虑：

1. 试管婴儿费用，北京协和单周期试管花费大概在5万元，南京生殖中心单周期花费4万元，南京生殖中心试管单周期花费没有北京协和高；
2. 根据试管医生技术水平选择，两所医院内部医生不同，可以选择医院内部技术更好的医生；
3. 两所医院的位置不同，患者在挑选医院时要选择更近的医院；
4. 实际上北京协和和南京生殖中心的试管婴儿成功率相差不大，这两所医院的整体医资实力都非常雄厚，患者都可以考虑。